Kadangi pomidorų rudųjų rugių vaisių virusas užkrečia pomidorų ir pipirų augalus visame pasaulyje, sėklų bendrovės stengiasi veisti atsparius pomidorus.
Gausūs genetiniai ir genominiai ištekliai buvo prieinami pomidorų augintojams dar prieš pradedant pomidorų genomo sekos nustatymo projektus. Didelės pomidorų daigų kolekcijos jau seniai buvo įkurtos keliose vietose. Genų bankuose visame pasaulyje išsaugota daugiau nei 75,000 XNUMX pomidorų. Vienas didžiausių yra USDA genų bankas Ženevoje, NY.
Pomidorų genomo sekos nustatymas buvo pradėtas 2005 m. Kaip daugiašalė pastanga tarp 14 šalių ir baigtas 2012 m. Šios pastangos buvo labai paspartintos taikant dirbtinį intelektą, mašinų mokymąsi ir pažangius algoritmus dideliam kiekiui genetinių ir fenotipinių duomenų analizuoti.
Pomidorų visos genomas
Mokslininkai iš Boyce'o Thompsono instituto 2020 m. Sukūrė aukštos kokybės etaloninį laukinių pomidorų genomą, kad gautų išsamesnį ir naudingesnį pomidorų kepimo genomą. Jie atrado genomo dalis, kurios yra vaisių skonio, dydžio ir nokinimo, tolerancijos stresui ir atsparumo ligoms pagrindas. Iš dalies dėl pažangiausių sekos nustatymo technologijų, kurios gali nuskaityti labai ilgus DNR fragmentus, etaloninis genomas yra išsamesnis ir tikslesnis nei esama duomenų bazė.
Senesnės sekos nustatymo technologijos, nuskaitančios trumpesnius DNR fragmentus, identifikuoja mutacijas vienos bazės lygiu. Tačiau jiems netinka rasti struktūrinių variantų, tokių kaip įterpimai, ištrynimai, inversijos ar didelių DNR fragmentų dubliavimai.
Tarptautinė tyrėjų grupė sukūrė pomidorų kepimo genomą, naudodama 2019 filogenetiškai ir geografiškai tipiškų veislių genomo sekas. Šioje duomenų bazėje yra 725 genai, kurie nebuvo rasti pradiniame etaloniniame genome. Dabartinės/nėra variacijos analizės atskleidė didelį genų praradimą ir intensyvų neigiamą genų ir promotorių pasirinkimą pomidorų prijaukinimo ir tobulinimo metu.
Visą straipsnį skaitykite www.seedworld.com.